南通轨道交通集团有限公司于2016年12月19日注册成立，2017年8月15日挂牌，为市属一类企业，主要负责城市轨道交通的前期研究、投融资和建设管理等；负责城市轨道交通线路运营及相关设备设施的管理和维护，待开通线路的运营筹备；负责城市轨道交通收益管理、投资及相关非票务性资源的开发经营等；从事城市基础设施设计和咨询服务。
      集团成立以来，在市委市政府的正确领导下，充分发扬“奋进者”的企业精神，双线并进推动工程建设，精益求精谋划运营筹备，目前已顺利完成了轨道交通1号线的工程建设任务，并大力推动轨道交通2号线建设进程，同时拓展TOD、广通商等资源开发业务，实现了资产规模从0到百亿的巨大飞跃。集团连续三年在市级层面考核中名列前茅，连续三年获得国企考核第一等次，连续两年获得市改革发展创新创优奖二等奖，轨道交通指挥部连续三年获得市级城建重点工程指挥部考评一等奖。同时还荣获市属国企党建品牌一等奖、市级文明单位称号。
      臻精达诚、行稳致远。面对轨道交通发展的新形势、新任务、新要求，南通轨道交通将秉承“精心经营地铁、精益服务通城、精诚奉献市民”的企业使命，高标准、高质量、高效率抓好线网规划、工程管理、运营服务、安全管控、资源开发、管理提升、党建群团等各项工作，努力成为独具江海特色的轨道城市综合服务商。